世界を襲った謎の機械細胞群『ワーム』により人類は人口の三分の一を失うものの、人類軍の最終破壊兵器により壊滅した。それから10年の年月が過ぎた。桜野音羽、園宮可憐、一条瑛花の3人は横須賀に集められる。そこで目にしたものは今までの戦闘概念を根本から覆す新兵器、飛行外骨格『ソニックダイバー』であった。負傷によりパイロットを引退した冬后蒼哉中佐の元、ソニックダイバーパイロット候補生として3人の訓練の日々が始まる。しかし危機は迫っていた。10年の時を経てワームが復活したのである。テレビアニメも好評放映中の「スカイガールズ」より音羽達、SD隊が着用する制服をCANDYONEが商品化！天翔ける乙女たち。その名もスカイガールズ！人類の希望と未来を背負い、今、大空へと羽ばたく時が来た！